Blok Humaniora merupakan blok keenam yang dilaksanakan pada semester kedua Fakultas Kedokteran Universitas Atma Jaya. Blok ini akan memberikan kepada mahasiswa kedokteran pengetahuan dasar tentang bidang yang termasuk di dalam kelompok humaniora (ilmu kemanusiaan) yaitu: Etika Umum, Etika Biomedis, Agama, Filsafat Budaya, Logika, Kewarganegaraan, Kesehatan Perkotaan, Sosiologi dan Antropologi Kesehatan, serta Psikologi Kesehatan. Pengetahuan dasar humaniora diperlukan untuk melengkapi pengetahuan kedokteran sehingga setiap mahasiswa FKUAJ dalam proses pembelajaran diharapkan akan mampu belajar untuk menguasai ketujuh kompetensi dasar dokter Indonesia. Dalam blok ini, terdapat beberapa bagian yang terlibat: Tim Pengajar Mata Kuliah Universitas yang bertanggung jawab atas Agama, Logika, Kewarganegaraan, Filsafat Budaya, serta Departemen Etika Biomedis, Ilmu Kesehatan Perkotaan dan Ilmu Kedokteran Jiwa dan Perilaku FKUAJ.